煙氣在線監測系統中，二氧化硫的含量也參與到脫硫系統的自動調節工作中，所以當煙氣在線監測系統中取樣管路吹掃時，系統檢測到的數據就會出現很大的變化，從而影響到脫硫系統的自動調節。如果使用半干法進行脫硫工作，脫硫率仍然會在取樣管路吹掃時發生較大的變化，并且，由于脫硫塔中噴入的消石灰量是以煙氣中二氧化硫含量的計算結果為基礎，所以在煙氣在線監測系統取樣管路進行吹掃時，由于二氧化硫含量計算結果不準確，所以消石灰量也不正確，這就在很大程度上影響到實際的脫硫率。在實際工作過程中，如果要想得到準確的脫硫率，就要在煙氣在線監測系統取樣管路吹掃之前，就退出消石灰的給定自動。但是由于煙氣在線監測系統的取樣管路吹掃頻率為每兩個小時一次，所以需要退出消石灰給定自動操作會比較頻繁。